Dette er vurderinger behandlende veterinær må gjøre i hvert enkelt tilfelle og avhenger av hvor/hvilke organ det er infeksjon i, samt hvilke bakterie(r) som er tilstede. Direktoratet for medisinske produkter (DMP) har utgitt terapianbefalinger som bør følges. Generelt anbefales det å ta ut en prøve for dyrking for å identifisere bakterie, samt å teste hvilke antibiotika bakterien er følsom for før man starter opp med behandling. På hud, slimhinner og i tarmen finnes en rekke naturlig forekommende bakterier som utgjør kroppens normalflora. Normalfloraen påvirkes også ved antibiotikabehandling, og bakterier i normalfloraen kan utvikle antibiotikaresistens. Man bør derfor så fremt det er mulig bruke et smalspektret antibiotikum som er målrettet mot bakterien som forårsaker infeksjon, slik at normalfloraen i så liten grad som mulig påvirkes. I tillegg er det viktig at infeksjoner kun behandles med antibiotika når det er nødvendig. I mange tilfeller vil kroppen selv klare å overvinne infeksjonen, evt. supplert med annen relevant behandling der antibiotika ikke benyttes. Dette kan være bruk av preparater som kan påføres for eksempel infiserte sår, slik som antiseptiske midler, honning o.a.